WindowsでMonodevelopを使用しているときに遭遇しました。
MonodevelopとUnity接続中、ブレークポイントで止まった訳でも無いのにUnityエディタが止まりました。
解決法は、メニューバー>Run>StopでMonodevelop側でUnityとの接続を止めれば復帰しました。再現性が無いので何ともですが、とりあえずフリーズしたら接続を止めると復帰するかもしれません。
しかしWindowsに移行しても未だにVisualStudio使う気が起きない…慣れって恐ろしい…!