まず4番は実装のリスクが高いと思う。
ランタイムでステージを構成する程度ならともかく、対応規模を大きくすると
Unityの機能をかなり自前で実装する必要が出てくると思う。
残念ながらNoobな自分には、この規模の実装をバグなく確実に
対応し続けるのは少々リスクが高いと考えている。
（対応できるなら素晴らしい手法だと思うけど）
そして17番、これは好みの問題だが、
プレハブを特殊化するとプレハブの特徴である「一括変更」が出来なくなる。
また、シーンを確認せずに内容を変更するというのは、何と言うか、気味が悪い。
こうった素晴らしい手法は、もっと議論されるべきだと思う。
有効/誤りだけでなく、必要なケース等も含めて。
Tipsというのはプロジェクトの状況に大きく左右するので、
色々な状況の人が議論することではじめて
「このTipsが必要になるケース」が掘り出される。
Unityは勉強会やセミナーが活発なので、そういった所で議論されると良いんだけど。
